基因组测序产生的大量新实验数据推动了自动化方法的发展，用于预测通过序列分析推断的蛋白质功能，但缺乏实验特征。

蛋白质结构、功能和相互作用的预测全面概述了蛋白质结构或功能的预测方法，重点是它们的可用性和组合使用的可能性。将单个蛋白质的建模、相互作用的预测和复合物的对接方法置于预测基因本体（生物过程、分子功能和细胞成分）的背景下，并根据其对新兴系统生物学领域的贡献进行讨论。涵盖的主题包括：

• 蛋白质序列分析和结构预测的第一步
  

• 从序列自动预测蛋白质功能

• 基于模板的三维蛋白质结构预测：折叠识别和比较建模

• 三维蛋白质结构的无模板预测

• 蛋白质模型的质量评估

• 分子相互作用的预测：从小配体到大蛋白质复合物

• 大分子对接

• 整合结构、功能和相互作用的预测

蛋白质结构、功能和相互作用的预测侧重于在CASPs中表现良好的方法，这些方法是不断开发和维护的，学术研究人员可以作为web服务器或本地安装的程序免费使用。它是结构生物信息学、蛋白质化学、结构生物学和药物发现领域的研究人员和高级学生预测蛋白质结构和功能的最新最佳方法的基本指南。